斑潜蝇抗药性发展迅速，具有抗性水平高的特点，给防治带来很大困难，因此已引起各地普遍重视。(1)严格检疫，防止该虫扩大蔓延。北运菜发现有斑潜蝇幼虫、卵或蛹时，要就地销售，防止把该虫运到北方。(2)各地要重点调查，严禁从疫区引进蔬菜和花卉，以防传入。(3)农业防治。在斑潜蝇为害重的地区，要考虑蔬菜布局，把斑潜蝇嗜好的瓜类、茄果类、豆类与其不为害的作物进行套种或轮作；适当疏植，增加田间通透性；收获后及时清洁田园，把被斑潜蝇为害作物的残体集中深埋、沤肥或烧毁。(4)采用灭蝇纸诱杀成虫，在成虫始盛期至盛末期，每667m2置15个诱杀点，每个点放置1张诱蝇纸诱杀成虫，3—4天更换一次。也可用斑潜蝇诱杀卡，使用时把诱杀卡揭开挂在斑潜蝇多的地方。室外使用时15天换1次。(5)科学用药。在受害作物某叶片有幼虫5头时，掌握在幼虫2龄前(虫道很小时)，于8—11时露水干后幼虫开始到叶面活动或者熟幼虫多从虫道中钻出时开始喷洒25％斑潜净乳油1500倍液或48％毒死蜱1500倍液、98％巴丹原粉1500倍液、1．8％爱福丁乳油3000倍液、5％顺式氰戊菊酯乳油2000倍液、25％杀虫双水剂500倍液、98％杀虫单可溶性粉剂800倍液、1％增效7051生物杀虫素2000倍液、44％速凯乳油1000—1500倍液。1．8％集琦虫瞒克乳油2500倍液。此外，提倡施用0．12％天力Ⅱ号可湿性粉剂1000倍液、40％绿菜宝乳油1000倍液、1．5％阿巴丁乳油3000倍液、20％康福多浓可溶剂4000倍液、5％抑太保乳油2000倍液、36％克螨蝇乳油1000—1500倍液、5％卡死克乳油2000倍液。防治时间掌握在成虫羽化高峰的8—12时效果好。此外，还可选用5％氟虫清悬浮剂、5％氟虫脲乳油、5％氟啶脲乳油等。(6)生物防治法。释放姬小蜂Diglyphus spp、反颚茧蜂Dacnusin spp.、潜蝇茧蜂Opius spp．等，这三种寄生蜂对斑潜蝇寄生率较高。